舰船的改装核心在于通过蓝图系统对现有子系统进行技术强化与模块更换，而非改变其基础的能源与动力架构。游戏内的航母，如CV-3000级或太阳鲸级，其推进与能源系统在设定上已基于一个成熟的可控核聚变技术背景，这意味着从世界观层面，它们本身就是由先进核能驱动的。所谓的利用核能源进行推进系统改装在游戏玩法中并不体现为将常规动力替换为核动力，而是表现为在既定核能基础上，通过分配技术值、解锁强化项和选择特定模块来优化舰船的各项性能。改装的操作全部在蓝图界面完成，针对的是武器、装甲、动力、载机等已有系统，提升伤害、生存、载机效率等实战指标，而非变更动力源类型。
游戏内航母改装的具体方向严格遵循其设计定位，主要围绕生存能力、舰载机效能和自身辅助火力展开。对于CV-3000这类泛用型航母，改装优先级通常倾向于提升生存能力，例如优先点出动力系统中的机动规避策略以增加存活率，并强化装甲系统。由于航母本身火力并非主要输出手段，技术点会重点投资于舰载机的冷却时间、伤害及命中率。模块改造方面，CV-3000的核心在于获取能增加护航艇搭载量的B2模块和增加战机搭载量的M3模块，通过不同组合实现如5战机+6护航艇或8战机+3护航艇的配置变化，以适应不同的战术需求。
对于太阳鲸这类武装战略航空母舰，其改装策略则更侧重于发挥其综合潜力。其强大的初始血量和自带维修能力是基础优势。改装时，舰载机系统的强化依旧是核心，需优先点出载机的冷却和伤害。模块选择上，追求极致舰载机数量的组合（如M2、C1、B2模块的组合可实现最多16架舰载机的搭载）被视为顶级形态，但这需要获取多个稀有模块。武器系统方面，通常推荐使用自带的A1综合武器库，其策略士气鼓舞在实战中有一定的覆盖率。改装过程需要平衡防御与输出，并注意其移动速度缓慢的特点，常通过增援指令而非直接编入舰队来部署。
游戏的改装系统近年来得到了扩展，赋予了玩家更深入的调校空间。更新后的调校功能允许玩家对舰船各个系统下的强化项进行上限提升，涵盖炮弹改良、功率矩阵、快速武器维护等多个方面。这意味着玩家可以超越基础的加点，对关键属性进行针对性深化，例如进一步提升载机的伤害输出或缩短武器冷却。这种调校不改变动力本质，但能在核能提供的能源基础上，更高效地分配和利用能量，优化舰船的输出循环、防御强度或支援效率，从而实现推进系统乃至全舰战斗力的精细化升级。
游戏引入了星系特殊技术作为临时性的强化方案，这为舰船在特定环境下的表现提供了变数。虽然这并非永久性的动力系统改装，但诸如提升超主力舰结构值、改变舰船站位或降低特定舰种指挥值的技术，能够显著影响航母战术群在单个星系内的作战效能。这从侧面反映了游戏的设计思路：舰船的基础性能由蓝图和永久改装决定，而战术适应性则通过临时增益来调节，两者共同构成了舰船的战力维度，但均未涉及对核动力根源的替换或改造。
玩家所能进行的一切改装行为，包括系统强化、模块更换与技术调校，都是对舰船已有功能的挖潜与增强，提升其作为空中载机平台的综合战斗力，而非也无法改变其以核聚变作为根本能源和推进基础的核心设定。攻略的要点在于深刻理解每艘航母的定位，并据此合理规划稀缺的技术值与模块资源。
