通关一周目后，咱们会从自家门前重新开始冒险。这时候大木博士会主动找上门，如果图鉴收集超过60种宝可梦，他会帮忙升级到全国图鉴模式。之后去精灵联盟会发现四天王暂时无法挑战，因为冰系天王科拿外出旅游了。这时候咱们需要从枯叶市坐船前往1号岛，在岛上的网络中心会遇到之前修机器的NPC，得知需要红宝石来修复设备。
接下来咱们要前往灯火山寻找红宝石。从1号岛向右冲浪到达光辉之路，沿着山路往上走会发现一个洞穴，里面可以恢复宝可梦状态并获取HM06碎岩技能。继续往上走到达灯火山顶，左边洞穴深处能遇见火焰鸟，记得提前存档准备捕捉。下山后往右走会看到两个火箭队成员守着洞穴，击败他们后进入洞穴最深处就能拿到红宝石。带着红宝石回去交给网络中心的NPC，他会让咱们继续寻找蓝宝石，并给七岛通行证。
拿到通行证后咱们可以自由穿梭七岛。先去4号岛会遇见劲敌但不会对战，在岛上能找到科拿的家。冲浪进入她家右侧的冰洞，利用碎冰机关拿到HM07攀瀑技能，爬上瀑布后会发现科拿正被火箭队围攻。帮她解围后得知火箭队下一个目标是5号岛的仓库。来到5号岛仓库发现需要密码，这时候咱们需要去6号岛的标记森林，穿过森林后找到洞穴用居合斩开门，按顺序掉进洞里就能找到蓝宝石，但会被NPC抢走并留下火箭队仓库密码。
带着密码回到5号岛仓库，击败里面的火箭队成员拿回蓝宝石。最后回到1号岛完成设备修复，这样就能和宝石版通信了。这时候别忘了去7岛的训练师塔挑战高等级训练师，山谷中央的洞穴里还能遇到未知图腾。如果之前没抓三神鸟，现在可以去无人发电厂找闪电鸟，双子岛找急冻鸟，华蓝洞窟找超梦。完成这些后，咱们的二周目冒险就基本圆满了，可以继续完善图鉴或者挑战更高难度的对战。
